Роман представляет собой историю жизни и исканий датского интеллектуала, современника Якобсена, которую автор переносит на поколение назад — приблизительно лет на двадцать.

Книга открывается описанием характеров родителей героя: его мать — восторженная романтическая душа, живущая в мире поэтических грез, а отец, повидавший крупнейшие столицы Европы, человек достаточно образованный, чтобы понимать важность образования и не слишком серьезно воспринимать высоту поэтических воспарений.

Нильс Люне дружит с пасторским сыном Фритьофом и временно отданным на попечение отца сыном дальних родственников Эриком, которому прочат будущее художника-скульптора. Обучает мальчиков домашний преподаватель — «не окончивший курса» (т.е. провалившийся на экзаменах) богослов и философ Бигум, считающий себя непризнанным гением, «современники которого ещё не родились». Бедный и малопривлекательный, он безнадежно влюблен в гостящую у Люне родственницу — молодую тетю Нильса Эделе, блестящую светскую даму, отправленную в деревню для поправки здоровья. Красивая и элегантная, привыкшая к салонному общению, молодая женщина держит на расстоянии даже родственников и резко, хотя и не без внутреннего сочувствия, отвергает любовь Бигума, когда он наконец осмеливается объясниться. В самом деле, на что учитель надеялся? Несомненно, он знал её ответ наперед и напрасно распалял свое воображение. Не следует стремиться к невозможному. Но, если ему хочется страдать, пусть страдает! Запретить страдать она ему, естественно, не может. Да ей и все равно!

Через год ранней весной Эделе, предмет первой мальчишеской влюбленности Нильса, умирает от чахотки. Никто не узнал о её собственной любви к знаменитому артисту, для которого Эделе была всего лишь одной из тысяч поклонниц. Нильс горячо переживает её смерть. В момент прощания он просит Бога оставить Эделе в живых, но Бог не слышит его, и мальчик отвергает Бога, не переставая, по существу, в него верить, потому что о вере пока ещё не задумывается.

Вскоре друзья расстаются. Эрик отдан в обучение к известному скульптору, а Нильс и пасторский сын Фритьоф поступают в Копенгагенский университет; их захватывает интеллектуальная и артистическая жизнь столицы, они с воодушевлением воспринимают новые идеи и веяния. Нильс в числе немногих избранных становится завсегдатаем в доме у фру Бойе — блестящей тридцатилетней красавицы, вдовы, известной своими свободными взглядами и непринужденностью отнюдь, впрочем, не распущенного поведения. Ловкая и артистичная кокетка, фру Бойе увлекает Нильса — она с ним играет, наслаждается обожанием, восхищением её красотой. Нильс же мучительно в нее влюблен.

Проходит год. Молодого студента срочно вызывают домой в Лёнборгорден, где опасно болен отец. Живым Нильс его не застает, Потрясенная смертью мужа, заболевает и мать. Она чувствует обреченность, но постепенно состояние её становится лучше настолько, что они вместе с Нильсом отправляются в путешествие по Италии и Швейцарии, о котором Бартолина мечтала всю жизнь. Удивительно, но исторические замки, площади и сокровищницы искусства особых восторгов у нее не вызывают. Их идеальный литературный образ обещал много больше. Бартолина Люне медленно угасает. Но она переживает близкое, как никогда, единение с сыном и умирает у него на руках в Кларане, после чего Нильс немедленно возвращается в Копенгаген.

После пережитого Нильс видит фру Бойе в ином свете — слово «богема» так и просится ему на ум. Но происходит непредвиденное: фру Бойе, проповедовавшая ранее свободное чувство, помолвлена, она выходит замуж: все прежнее её поведение было позой; да, она — самая обыкновенная женщина, и ей хочется снова попасть в свет, ей нужна опора. Хотя Нильс ей не безразличен: сама не зная, играет ли она очередную «сцену» или действительно хочет любви, фру Бойе едва Нильсу не отдается. Но он не хочет разрушать дорогую ему иллюзию нежных платонических отношений. Нильс остается один. И с жадностью глотает книги («Узнавать — столь же прекрасно, как жить на свете!»), занимается эстетикой и философией, пишет стихи. Он доходит до такой степени раскрепощенности, что отказывается от веры в Бога, проповедуя веру в атеизм, о чем откровенно рассказывает свободомыслящему консерватору (бывают и такие!) доктору Йеррилю. По мысли Люне, потоки любви, исходящие от людей к Богу, при всеобщем атеизме вернутся на землю. Тогда они обратятся от человека к человеку, небеса опустеют, и на земле воцарятся доброта, справедливость и мудрость.

Между тем из Италии возвращается Эрик, уехавший туда начинающим скульптором, а вернувшийся преуспевающим живописцем. Вместе с Эриком они посещают летом усадьбу во Фьордбю, где живет со своим мужем, помещиком и коммерсантом, ещё одна тетя Нильса. Здесь, в усадьбе, оба друга влюбляются в кузину Нильса — юную, достаточно образованную и очень естественную Фенимору. Более жизнелюбивый и энергичный Эрик завоевывает её любовь, его предложение руки принято, а Нильс возвращается в Копенгаген один.

Он опять страдает от одиночества: постоянно бывая на людях, он наблюдает за ними, но он — не с ними. Нильс чувствует: он все ещё не нашел себя, и все его научные, философские и поэтические занятия — не более чем подготовка к прыжку, на который он, может быть, не осмелится никогда.

Через два года приходит письмо от Эрика. Тот в отчаянии: они с Фениморой живут в полном духовном одиночестве. Дом они снимают на берегу фьорда в провинциальной глуши. Интеллектуального общения здесь — никакого! Эрик чувствует: он выдохся, потерял талант и не может заставить себя взять кисть в руки.

Нильс немедленно отправляется в путь — он нужен другу и должен ему помочь! Но помочь Эрику невозможно — это Нильс понимает при первой же встрече. Вдохновение появляется и пропадает необъяснимо, и Эрик, отказываясь от творчества, все время проводит в попойках и кутежах. От прежней их с Фениморой любви не осталось следа. Они ею пресытились. Нильс жалеет Фенимору, он хотел бы возродить её для новой жизни и избавить от унижения. Однако его жалость вызывает у Фениморы лишь озлобление. Хотя мало-помалу лед отчуждения между ними тает. Пока наконец не происходит то, что должно было произойти: Нильс и Фенимора открывают для себя, что любят друг друга. Нильс предлагает Фениморе бежать, но она медлит с решением, не может представить себе, как воспримут побег её любящие и очень традиционно мыслящие родители. Скрываемая любовь вырождается в порочную страсть. Однажды во время очередного загула Эрика Фенимора ожидает Нильса, обещавшего прибежать к ней на коньках по льду фьорда (Нильс живет на другом его берегу), но получает срочное извещение — Эрик погиб, он разбился в соседнем городе: лошадь понесла, карета перевернулась, и Эрик ударился головой о каменную стену.

Нильс уже виден под луной на льду, и навстречу ему босиком по снегу бежит Фенимора. Она обрушивает на любовника грубые проклятия. Смерть Эрика — это наказание за её грех, за измену мужу! Недавнее прошлое видится Фениморе уже в совершенно ином свете.

Нильс покидает её с тяжелой душой — он бичует себя: «Если ничем путным стать не удалось, так уж непременно надо сделаться Иудой».

Почти два года после этого Нильс Люне проводит за границей. В Италии он дружит со знаменитой певицей мадам Одеро, они живут одно время рядом в гостинице. Как ни странно, но именно общение с Нильсом излечивает певицу — она страдала от болей в горле — и, не дожидаясь возвращения Нильса в отель (он случайно в этот момент отлучился), попробовав голос в саду, мадам Одеро уезжает, ей не терпится снова ступить на сцену. А Нильс Люне ещё раз теряет близкую ему душу. Но хоть кому-то и он тоже помог!

Нильс возвращается домой в Данию в свое родное поместье и с удивлением обнаруживает, что занятия хозяйством и сельский труд ему нравятся. Он берет в жены скромную семнадцатилетнюю дочь соседа-помещика, у них рождается сын, и супруги благополучно живут целых три года. Жена боготворит Нильса и с радостью переходит в его «веру», которую он с таким пылом расписывал когда-то доктору Йеррилю. Но происходит несчастье: Герда заболевает и умирает. Перед смертью, чтобы облегчить её уход, Нильс по её просьбе посылает за священником, и тот причащает умирающую. Тем самым, как кажется Нильсу, Герда на пороге смерти все-таки предает его.

Но несчастья Нильса Люне на этом не кончаются — через несколько месяцев заболевает и его сын — ребенок бьется в судорогах, домашний доктор вовремя приехать не успевает, и Нильс, ради спасения мальчика готовый на все, предает самого себя — он снова, как в дни детства, взывает к Богу, он готов поверить в Него, если Тот сотворит Чудо. Но чуда не происходит, и Нильс остается один.

Тот же 1863 г. Поздняя осень. Возникает угроза войны с Пруссией. Нильс Люне записывается в армию. Хмурым мартовским днем он смертельно ранен и помещен в лазарет. Нильс мучается три дня — пуля попала в легкое. Доктор Иерриль спрашивает его, не послать ли за пастором? Пусть он причастит его перед смертью. «Умирающие, — по словам доктора, — не имеют воззрений», и Нильсу от этого, может быть, будет легче?

Но Нильс до конца стоит на своем. Хоть это и бессмысленно. И перед смертью бредит во сне о доспехах и о том, что он умрет стоя.