Герой романа Владимир Санин прожил долгое время вне семьи, вероятно, поэтому он легко овладевает нитями всех коллизий, которые замечает в родном доме и в знакомом городе. Сестра Санина, красавица Лида, «тонкое и обаятельное сплетение изящной нежности и ловкой силы», увлекается совсем недостойным её офицером Зарудиным. Некоторое время они даже встречаются к взаимному удовольствию с той небольшой разницей, что после свиданий у Зарудина ровное хорошее настроение, а у Лиды тоска и негодование на саму себя. Забеременев, она справедливо назовет его «скотиной». Лида совсем не ждала от него предложения, но он не находит слов, чтобы успокоить девушку, для которой стал первым мужчиной, и у нее возникает желание покончить с собой. От необдуманного шага её спасает брат: «Умирать не стоит. Посмотри, как хорошо… Вон как солнце светит, как вода течет. Вообрази, что после твоей смерти узнают, что ты умерла беременной: что тебе до того!.. Значит, ты умираешь не оттого, что беременна, а оттого, что боишься людей, боишься, что они не дадут тебе жить. Весь ужас твоего несчастья не в том, что оно несчастье, а в том, что ты ставишь его между собой и жизнью и думаешь, что за ним уже ничего нет. На самом деле жизнь остается такою, как и была…» Красноречивому Санину удается убедить влюбленного в Лиду молодого, но робкого Новикова жениться на ней. Он просит за нее у него прощения (ведь это только был «весенний флирт») и советует, не думая о самопожертвовании, отдаться до конца своей страсти: «Ты светел лицом, и всякий скажет, что ты святой, а потерять ровно ничего не потерял, у Лиды остались те же руки, те же ноги, та же страсть, та же жизнь… Приятно наслаждаться, зная, что делаешь святое дело!» Ума и деликатности в Новикове оказывается достаточно, и Лида соглашается выйти за него замуж.

Но тут оказывается, что и офицеру Зарудину знакомы угрызения совести. Он является в дом, где всегда был хорошо принят, но на этот раз его чуть было не выгоняют за дверь и вдогонку кричат, чтобы больше не возвращался. Зарудин чувствует себя оскорбленным и решает вызвать «главного обидчика» Санина на дуэль, но тот категорически отказывается стреляться («Я не хочу никого убивать и еще больше не хочу быть убитым»). Встретившись в городе на бульваре, они в очередной раз выясняют отношения, и Санин укладывает Зарудина одним ударом кулака. Публичное оскорбление и ясное понимание того, что ему никто не сочувствует, заставляют щеголеватого офицера выстрелить себе в висок.

Параллельно любовной истории Лиды в тихом патриархальном городе развивается роман молодого революционера Юрия Сварожича и юной учительницы Зины Карсавиной. К стыду своему, он вдруг осознает, что любит женщину не до конца, что не способен отдаться могучему порыву страсти. Овладеть женщиной, потешиться и бросить её он не может, но жениться он тоже не может, поскольку боится мещанского счастья с женой, детьми и хозяйством. Вместо того чтобы порвать с Зиной, он кончает с собой. Перед смертью он штудирует Екклезиаст, и «ясная смерть вызывает в его душе беспредельную тяжелую злобу».

Санин, поддавшись очарованию Зининой красоты и летней ночи, объясняется ей в любви. По-женски она счастлива, но её мучают угрызения совести по утраченной «чистой любви». Она не догадывается об истинной причине самоубийства Сварожича, её не убеждают слова Санина: «Человек — гармоничное сочетание тела и духа, пока оно не нарушено. Естественно, его нарушает только приближение смерти, но мы сами разрушаем его уродливым миросозерцанием… Мы заклеймили тела животностью, стали стыдиться их, облекли в унизительную форму и создали однобокое существование… Те из нас, которые слабы по существу, не замечают этого и влачат жизнь в цепях, но те, которые слабы только вследствие связавшего их ложного взгляда на жизнь и самих себя, те — мученики: смятая сила рвется вон, тело просит радости и мучает их самих. Всю жизнь они бродят среди раздвоений, хватаются за каждую соломинку в сфере новых нравственных идеалов и в конце концов боятся жить, тоскуют, боятся чувствовать…»

Смелые мысли Санина пугают местную интеллигенцию, учителей, врачей, студентов и офицеров, особенно когда Владимир говорит, что Сварожич «жил глупо, мучал себя по пустякам и умер дурацкой смертью». Его мысли «нового человека» или даже сверхчеловека разлиты по всей книге, во всех диалогах, в разговорах с сестрой, матерью, многочисленными персонажами. Его возмущает христианство в той форме, которая открылась человеку начала XX в. «По-моему, христианство сыграло в жизни печальную роль… В то время, когда человечеству становилось уже совсем невмоготу и уже немногого не хватало, чтобы все униженные и обездоленные взялись за ум и одним ударом опрокинули невозможно тяжелый и несправедливый порядок вещей, просто уничтожив все, что жило чужою кровью, как раз в это время явилось тихое, смиренно мудрое, многообещающее христианство. Оно осудило борьбу, обещало внутреннее блаженство, навеяло сладкий сон, дало религию непротивления злу насилием и, выражаясь коротко, выпустило пар!.. На человеческую личность, слишком неукротимую, чтобы стать рабом, надело христианство покаянную хламиду и скрыло под ней все краски человеческого духа… Оно обмануло сильных, которые могли бы сейчас, сегодня же, взять в руки свое счастье, и центр тяжести их жизни перенесло в будущее, в мечту о несуществующем, о том, что никто из них не увидит…» Санин — революционер ницшеанско-дионисийского толка — нарисован автором книги как лицо весьма симпатичное и привлекательное. Для современного слуха он ни циничен, ни груб, однако российская провинция, застоявшееся болото косности и идеализма, его отторгает.