В день Борисова венчания на престол бояре исчисляют плоды его правления: и пресеченный мор, и завершенные войны, и урожаи. Они дивятся, как долго пришлось уговаривать Годунова принять власть, и лишь угроза отлучения от церкви его к тому принудила. Борис возвращается из собора, собираясь принимать послов. Воейков сообщает о победе над сибирским ханом. Английский посол предлагает невесту царевичу Федору; папский нунций — соглашение о соединении церквей; австрийский, литовский, шведский, флорентийский послы почтительно просят кто о помощи деньгами или войсками, кто о признании своих владений. Персидский и турецкий послы обвиняют друг друга в посягательствах на Иверию, посол иверского царя просит защиты. Всем царь дает подобающий ответ, исполненный достоинства и силы, и велит впустить всех желающих в царские палаты («Между народом русским и царем преграды нет!»). Оставшись один, Борис торжествует и, поминая смерть царевича, решает: то неизбежная цена за величье государства. Вскоре после, дожидаясь в монастырской келье постригшейся Ирины, Борис выслушивает донесения Семена Годунова на Романовых, недовольных отменой Юрьева дня; на Василия Шуйского, лукавого и ненадежного слугу, но, уверенный в своей силе, никого не хочет наказывать. Появляется Ирина, и Борис, напоминая ей свои колебания на пути к власти, просит оправдать его и признать, что благоденствие России стоит той неправды, через которую он стал царем. Ирина, одобряя его царство, требует, чтоб он не забывал о своей вине и не прощал себя сам. Оставшись каждый при своем, они расстаются.

Во дворце дети Бориса, Федор и Ксения, слушают рассказы Христиана, датского герцога, жениха Ксении, — о суровом детстве, о возвращении ко двору, о сражениях во Фландрии с испанскими войсками, но, когда Федор сетует на свою праздность, Христиан замечает, что его положение, позволяющее обучаться правлению при мудром государе, — много достойнее. Христиан рассказывает, как полюбил Ксению по рассказам послов, купцов и пленных, прославлявших наряду с величием России красоту, ум и кротость царевны. Заговаривают о Борисе, и все сходятся в любви к царю, забывающему себя ради славы и благополучия государства. Все трое клянутся помогать друг другу. Христиан просит вошедшего Бориса в случае войны позволить вести русские войска, но царь отговаривается наступившим на долгие годы миром. Дети уходят, а пришедший Семен Годунов объявляет слух о дивно спасшемся царевиче Димитрии. В своих покоях царица Мария Григорьевна расспрашивает дьяка Власьева о Христиане и, как ни юлит Власьев, дознается, что были толки, будто не король его отец, и старший брат, ныне царствующий, его недолюбливает. Не добившись от дьяка обещания свидетельствовать о том Борису, она зовет Дементьевну и с возрастающим раздражением узнает, что Ксения сидела вместе с братом и женихом, а царь приветствует новые обычаи. Пришедшей Волоховой царица жалуется, что Борис посватал Ксению за немчина, её не спросясь, и немчин, видно, приворотил царевну. Волохова берется погадать, в чем сила Христиана, и сокрушить её («Есть корешок такой»). В лесу, в разбойничьем стане, атаман Хлопко принимает новые пополнения крестьян, клянущих Бориса и отмену Юрьева дня. Появляется посадский, который без всякого страха требует освободить своих спутников, схваченных на московской дороге разбойничьим дозорным, и сообщает верную новость о появлении царевича Димитрия. Посадский подбивает Хлопка идти к Брянску и там, пристав к войскам царевича, получить прощение и воевать Годунова. Появляется Митька, волоча двух беглых монахов, Михаила Повадина и Гришку Отрепьева, которые просятся в хлопковское воинство. Когда посадский, позабавив разбойников борьбою с Митькой и велев выкатить бочки вина, вдруг пропадает, выясняется, что шедшие с ним монахи не знают, кто он таков.

Борис вынужден признаться в том, что появление нового врага толкнуло его на кровавый путь. Семен Годунов, отряженный выяснить, кто скрывается за именем Димитрия, говорит, что и ценою пыток не узнал ничего. Приискивают имя Гришки Отрепьева, беглого чудовского монаха, чтоб как-то переименовать врага. Борис распоряжается умножить шпионов и найти улику на Романовых и, кроме того, в силу продолжающегося голода раздать казну народу, повелев не слушать басен про царевича. Царевич Федор просит отправить его к войскам, царевна Ксения оплакивает перемену в Борисе и его проявившуюся жестокость; Христиан спрашивает, уверен ли Борис в смерти царевича, и пересказывает слухи. Дети уходят, появляется царица, полная язвительности и раздражения на Христиана, толкующего с детьми о «царенке». Царь остается глух к её требованию отослать Христиана. Семен Годунов сообщает о быстром продвижении изменников, о переходе к ним войск и об упорном сопротивлении Басманова. Василий Шуйский предлагает Борису отправиться самому к войскам или уже послать за вдовствующей царицей, чтоб свидетельствовала о смерти сына. Наказав Шуйскому рвать языки тем, кто распускает слухи, Борис посылает за матерью Димитрия. В доме Федора Никитича Романова бояре Романовы, Сицкий, Репнин и Черкасский пьют за царевича. Приходит Шуйский, сообщает о приказе Бориса, его расспрашивают о произведенном им розыске в Угличе, он отвечает туманно. Семен Годунов со стрельцами, обвинив собравшихся в желании отравой извести государя, берет всех под стражу, нарядив Василия Шуйского вести допрос. Борис, наедине размышлявший над свершившимся предсказаньем («Убит, но жив»), пришедшему Шуйскому велит объявить с Лобного места, что тот сам в Угличе видел труп царевича. На Христиана меж тем наседают советники, толкующие, что он должен отказаться от брака с Ксенией, что Борис выдал себя страхом, что Ксения дочь злодея и слуги. Христиан, чувствуя подступающую дурноту, веря в виновность Бориса, не знает, на что решиться. Приходит Ксения, и он, путаясь в словах и мыслях, говорит о неизбежной разлуке, а потом зовет её убежать с ним от отца-убийцы. Незаметно вошедший Федор вступается за отца, они собираются биться, Ксения, плача, напоминает о данной друг другу клятве. Христиан бредит, и, сочтя его больным, Ксения с Федором уводят его.

На Красной площади сыщики слушают разговоры в народе, идущем с панихиды по царевичу Димитрию (там же провозглашалась анафема Гришке). Провоцируя, толкуя речи в пригодном им ключе, сыщики хватают едва ли не всех подряд. Василий Шуйский с Лобного места ведет двусмысленную речь о наступающем неприятеле и говорит о розыске в Угличе так, что остается неясно, кто же был убиенный младенец. Об эту пору привезенная из монастыря мать царевича, ныне инокиня Марфа, ожидая Бориса и желая ему отомстить, решает признать самозванца сыном; она говорит, что мертвого сына не видала, лишившись чувств, а на панихиде слезы застилали ей глаза. Теперь же, услышав о приметах явившегося царевича, признает, что он чудесно спасся и жив. Царица Мария Григорьевна, желая уличить обман, вводит Волохову. Горе, охватившее Марфу при виде погубительницы сына, выдает её, но признать смерть Димитрия всенародно она отказывается. Вскоре Борису врач сообщает об ухудшении здоровья Христиана и о своем бессилии. Семен Годунов приносит грамоту от «Димитрия Иоанновича», в коей Бориса более всего угнетает обещанная милость в случае добровольного отказа от престола, а стало быть, уверенность «вора» во всеобщей поддержке. Борис требует привести постриженного Клешнина, дабы увериться в гибели царевича. Его зовут к Христиану, и вскоре он сообщает Ксении и Федору о его смерти.

Двое часовых, несущих ночной караул в престольной палате, в страхе прячутся при появлении бессонного Бориса. Тому мерещится чей-то образ на престоле, и, обнаружив часовых, он посылает их проверить, кто там сидит. Семен Годунов приводит Клешнина, который подтверждает смерть Димитрия, напоминает, что срок Борисова правления, предсказанный волхвами, подходит к концу, зовет его покаяться и удалиться в монастырь. Утром, получив от прибывшего Басманова сведения о частичной победе над «вором», Борис говорит Федору о необходимости венчаться на престол и о присяге, к коей будут приведены бояре. Федор отказывается от престола, ибо не уверен, что «вор» не Димитрий. Борис многозначительно предлагает предъявить Федору бесспорные улики смерти царевича, и тот, постигнув отцовское преступление, в ужасе отказывается от доказательств и заявляет, что примет венец. В столовой палате, дожидаясь Басманова и царя, бояре клянут обоих и обмениваются вестями о «царевиче». Входит Басманов, сетуя на неуместное свое отлучение из войск. Появляется Борис с детьми. Борис награждает Басманова. Бояре, отметив грусть Ксении, жалеют её и размышляют, что с ней делать, «когда на царство тот пожалует». Борис требует клятвы верности Федору и утверждения сей клятвы в соборе, теряет силы и падает. При общем смятении он заявляет, что причиной его смерти не отрава, а скорбь, завещает боярам блюсти клятву, напоминает, что «от зла лишь зло родится», и, объявив Федора царем, отходит